С декабря 2018 года по март 2019 года Генеральная прокуратура Российской Федерации проводила комплексную проверку Федерального агентства по рыболовству и подведомственных учреждений. По информации «МосМонитор» в ходе проверки были выявлены нарушения которые причинили ущерб федеральному бюджету почти на 2 млрд. рублей.
Как следует из акта проверки, в Федеральном агентстве по рыболовству не была организована надлежащим образом работа комиссии по расторжению договоров о закреплении долей квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов предприятиями, не осваивавшими в течение двух лет более половины закреплённой за ними квоты. В соответствии со ст.13 Федерального закон «О рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов» установлена норма, направленная против «компаний – рантье», которые не имеют собственного рыбопромыслового флота и продают закреплённую за ними квоту другими компаниями.
Генеральная прокуратура установила факт нарушения заместителем руководителя Росрыболовства Петром Савчуком законодательства о предоставлении разрешений на добычу морских млекопитающих. Как следует из акта проверки, содержащиеся в б. Средняя Приморского края белухи и косатки были добыты незаконно, так как приказ Росрыболовства о выдаче разрешений на добычу указанных белух и косаток был подписан Петром Савчуком за три (!) дня до подписания приказа Минсельхоза России о введении запрета на добычу белух и косаток в культурно-просветительских целях. Как следует из акта Генеральной проккуратуры, Пётр Савчук был осведомлён о подготовке соответствующего приказа Минсельхоза, так как проект указанного приказа готовился подведомственным ему управлением Федерального агентства по рыболовству.
В целом, как следует из акта Генеральной прокуратуры, должностные лица Росрыболовства нанесли ущерб федеральному бюджета почти на 2 млрд. рублей.